Philippe Le Houérou preside el Consejo de Administración de la AFD. El cual está compuesto de 17 miembros: 6 representantes del Estado, 5 personalidades calificadas y nombradas debido a su conocimiento de los problemas económicos y financieros o bien de la ecología y del desarrollo sostenible, 4 parlamentarios y 2 miembros electos por el personal. Además, en este Consejo participa un representante del Gobierno.
El Consejo de Administración delibera sobre:
- las orientaciones estratégicas y el acuerdo de objetivos y de medios establecido con el Estado;
- las operaciones y ayudas financieras efectuadas por cuenta propia, por cuenta del Estado, o por mandato de terceros;
- los préstamos contraídos, las condiciones de los ayudas asignadas, los estados financieros provisionales, la contabilidad anual, las adquisiciones y cesiones de inmuebles, las creaciones y supresiones de agencias locales, las transacciones sobre los intereses de la AFD, el nombramiento de los auditores.
Puede delegar parte de sus facultades en el director general, que le deberá rendir cuentas o bien, dentro de un límite de delegación, en uno de los tres comités especializados:
- el comité para operaciones en los departamentos y entidades territoriales de Ultramar o Comité de Ultramar.
- el comité para operaciones en el extranjero o Comité de los Estados Extranjeros;
- el comité para el apoyo a las iniciativas de las organizaciones no gubernamentales o Comité ONG.