Le Conseil d’administration de l’AFD est présidé par Philippe Le Houérou. Il est composé de 17 membres : 6 représentants de l’État, 5 personnalités qualifiées désignées en raison de leur connaissance des problèmes économiques et financiers ou de l’écologie et du développement durable, 4 parlementaires et 2 membres élus par le personnel. Un commissaire du gouvernement siège en son sein.
Le Conseil d’administration délibère sur :
- les orientations stratégiques et le contrat d’objectifs et de moyens conclu avec l’État ;
- les opérations et les concours financiers menés pour son compte propre, pour celui de l’État, ou sur mandats donnés par des tiers ;
- les emprunts contractés, les conditions des concours alloués, les états financiers prévisionnels, les comptes annuels, les acquisitions et cessions d’immeubles, les créations et suppressions d’agences locales, les transactions sur les intérêts de l’AFD, la désignation des commissaires aux comptes.
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs au Directeur général, qui lui en rend compte, ou dans la limite d’un plafond de délégation à l’un des trois comités spécialisés :
- le comité pour les opérations dans les départements et collectivités d’Outre-mer ou Comité Outre-mer ;
- le comité pour les opérations à l’étranger ou Comité des États étrangers ;
- le comité pour l’appui aux initiatives des organisations non gouvernementales ou Comité ONG.